Las Entidades Beneficiarias del Banco de Alimentos de Cuenca pueden recibir alimentos bien de la gestión propiamente dicha del Banco, o bien de la gestión derivada del Convenio suscrito entre la FESBAL (Federación Española de Bancos de Alimentos) y el FEGA (Fondo Español de Garantía Agraria) dependiente del Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino. En uno otro caso son distintos los procedimientos y los organismos que intervienen en la determinación de las Entidades que han de ser beneficiarias.
Hasta el año 2005, sólo había Entidades Beneficiarias que dependían de la propia gestión del Banco. A partir del 2006 con la incorporación de los alimentos procedentes del FEGA, se introducen en el sistema otras Entidades Beneficiarias que responden a la nueva realidad.